协调昌吉市委、昌吉市政府各部门的职能配置及其调整；协调昌吉市委各部门之间、昌吉市政府各部门之间、昌吉市委各部门与昌吉市政府各部门之间以及各部门与区县(市)之间的职责分工。
研究拟定昌吉市机构编制宏观规划和年度计划，并监督实施；办理市直机关事业单位上下编事宜；协同有关部门做好市直机关事业单位人员调入、录用和政策性分配安置工作。
负责昌吉市委、昌吉市政府各部门的机构设置(含内设机构)、人员编制的审核和科级领导职数的审批，提出昌吉市委、昌吉市政府各部门领导班子职数配备的建议；审核区县(市)党政群机关副科级以上机构设置和县乡党政群机关的行政编制总额。
贯彻执行国家和省有关事业单位登记管理的法律、法规、规章，拟定昌吉市事业单位登记管理的规范性文件，并组织实施；负责市级登记管辖范围内事业单位的登记、年检年审和监督管理工作；负责事业单位登记管理行政复议、行政诉讼应诉工作，检查监督和指导协调昌吉市事业单位登记管理工作。
