负责集美区环境问题的统筹协调和监督管理。牵头调查处理环境污染事故和生态破坏事件；指导协调镇乡（街道）突发环境事件的应急、预警工作；协调解决有关跨区域环境污染纠纷；组织和协调集美区重点流域、区域污染防治工作。
指导、协调、监督集美区生态保护工作。拟定生态保护规划，组织评估生态环境质量状况；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；指导、协调和监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园、地质公园的环境保护工作；协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、矿山复垦、石漠化防治工作；协调指导农村生态环境保护；监督生物技术环境安全，牵头生物物种（含遗传资源）保护工作，组织协调生物多样性保护工作。
承办集美区人民政府和市环境保护局交办的其他事项。
贯彻执行国家、省、市有关环境保护的方针政策、法律法规及标准；拟定并组织实施集美区环境保护规划和计划；参与拟定集美区经济社会发展规划；组织拟定并监督实施重点区域、流域污染防治规划和饮用水水源地环境保护规划；承担集美区环境统计和环境信息工作。
