昌吉市水利局

负责提出昌吉市水利固定资产投资规模和方向、市级财政性资金安排的意见；提出昌吉市市级水利建设投资建议并组织实施。
核定水域纳污能力，提出限制排污总量意见，指导入河排污口设置工作；指导昌吉市水生态建设。
负责昌吉市水旱灾害防治工作。组织、协调、监督、指导昌吉市防汛抗旱工作，组织编制市防汛抗旱应急预案并组织实施，对重要江河湖泊和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度
组织、指导昌吉市水政监察和水行政执法。负责重大涉水违法事件的查处，协调、指导水事纠纷的处理。

下属机构

水政水资源科 指导昌吉市水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施，指导饮用水水源保护、城市供水水源规划及非传统水资源开发利用工作、
审查昌吉市入河排污口设置，负责计划用水和节约用水工作。
负责昌吉市水利法制工作，承担水事纠纷协调处理工作，承办机关行政诉讼、行政复议和行政赔偿工作。
组织实施昌吉市水资源取水许可、有偿使用、水资源论证等制度，组织水资源调查、评价和监测工作.
科技与水产处 指导昌吉市水利风景区工作。拟订昌吉市渔业发展规划和技术进步措施。
承担渔事纠纷处理工作。负责昌吉市渔船、渔机、网具监督管理。
保护和合理开发利用昌吉市渔业资源。指导渔业标准化生产和健康养殖。
行使渔船检验和渔政监督管理权。负责昌吉市渔业安全生产工作。
办公室 负责昌吉市水利局召开的综合性会议、局长办公会议及重要公务接待组织工作。
组织昌吉市人大建议市政协提案办理。
组织起草昌吉市水利局综合性重要政务文稿，组织重大水利调研。
负责昌吉市水利局机关车辆管理及卫生、保卫、值班工作。

昌吉市地区行政机构

中医管理局中国致公党昌吉市委员会中心血站中招办九三学社乡镇企业局事业单位登记管理局二轻工业局交通局（公安交通管理局）人事局人劳局人口与计生委人才市场人民代表大会常务委员会人民对外友好协会人民政府办公室人民政府参事室人民政府法制办公室人民政府研究室人民检察院人民法院人民防空办公室住房公积金管理中心体委体育局供电公司供销社（供销联社）信息产业局信访局党史研究室

其他地方水利局