崇左水利局

负责提出崇左水利固定资产投资规模和方向、市级财政性资金安排的意见；提出崇左市级水利建设投资建议并组织实施。
核定水域纳污能力，提出限制排污总量意见，指导入河排污口设置工作；指导崇左水生态建设。
负责崇左水旱灾害防治工作。组织、协调、监督、指导崇左防汛抗旱工作，组织编制市防汛抗旱应急预案并组织实施，对重要江河湖泊和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度
组织、指导崇左水政监察和水行政执法。负责重大涉水违法事件的查处，协调、指导水事纠纷的处理。

下属机构

水政水资源科 指导崇左水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施，指导饮用水水源保护、城市供水水源规划及非传统水资源开发利用工作、
组织实施崇左水资源取水许可、有偿使用、水资源论证等制度，组织水资源调查、评价和监测工作.
负责崇左水利法制工作，承担水事纠纷协调处理工作，承办机关行政诉讼、行政复议和行政赔偿工作。
审查崇左入河排污口设置，负责计划用水和节约用水工作。
工程管理科 负责崇左河道、水库岁修及险工治理计划编制上报、建设管理工作。
指导崇左水库、大坝等水工程安全监管。
负责崇左水利工程设施、水域及其岸线管护工作。
组织编制崇左水库运行调度规程及大坝、水闸等水利工程运行管理与确权划界工作。
办公室 负责崇左水利局召开的综合性会议、局长办公会议及重要公务接待组织工作。
组织崇左人大建议市政协提案办理。
负责崇左水利局机关公文处理、政务信息、政务公开、信访维稳、督办、档案、保密、机要工作，指导崇左水利系统相关工作。
组织崇左水利局政务信息化规划工作，指导水利网站建设。

崇左地区行政机构

中医管理局中国致公党崇左委员会中心血站中招办九三学社乡镇企业局事业单位登记管理局二轻工业局交通局（公安交通管理局）人事局人劳局人口与计生委人才市场人民代表大会常务委员会人民对外友好协会人民政府办公室人民政府参事室人民政府法制办公室人民政府研究室人民检察院人民法院人民防空办公室住房公积金管理中心体委体育局供电公司供销社（供销联社）信息产业局信访局党史研究室

其他地方水利局