昌吉州水利局

核定水域纳污能力，提出限制排污总量意见，指导入河排污口设置工作；指导昌吉州水生态建设。
开展昌吉州水利科技、教育和队伍建设。组织水利科学研究、技术推广及国际合作交流，拟订水利行业的技术标准、规程规范、定额并监督实施；组织开展水利行业质量监督工作，指导昌吉州水利队伍和农村基层水利服务体系建设；组织、指导水利信息化工作。
负责水利设施、水域及其岸线的管理与保护。负责昌吉州水利基建项目建议书、可行性研究报告、初步设计和施工图的审查、审批。
监督昌吉州市级水利资金和直属单位国有资产的运行管理。

下属机构

办公室 组织昌吉州人大建议市政协提案办理。
负责昌吉州水利局机关车辆管理及卫生、保卫、值班工作。
协助昌吉州水利局领导协调局机关政务业务工作，组织机关日常工作。
负责昌吉州水利局机关公文处理、政务信息、政务公开、信访维稳、督办、档案、保密、机要工作，指导昌吉州水利系统相关工作。
工程管理科 负责昌吉州水利工程设施、水域及其岸线管护工作。
指导昌吉州水库、大坝等水工程安全监管。
负责昌吉州河道、水库岁修及险工治理计划编制上报、建设管理工作。
组织编制昌吉州水库运行调度规程及大坝、水闸等水利工程运行管理与确权划界工作。
水政水资源科 负责昌吉州水利法制工作，承担水事纠纷协调处理工作，承办机关行政诉讼、行政复议和行政赔偿工作。
组织实施昌吉州水资源取水许可、有偿使用、水资源论证等制度，组织水资源调查、评价和监测工作.
指导昌吉州水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施，指导饮用水水源保护、城市供水水源规划及非传统水资源开发利用工作、
审查昌吉州入河排污口设置，负责计划用水和节约用水工作。

昌吉州地区行政机构

中医管理局中国致公党昌吉州委员会中心血站中招办九三学社乡镇企业局事业单位登记管理局二轻工业局交通局（公安交通管理局）人事局人劳局人口与计生委人才市场人民代表大会常务委员会人民对外友好协会人民政府办公室人民政府参事室人民政府法制办公室人民政府研究室人民检察院人民法院人民防空办公室住房公积金管理中心体委体育局供电公司供销社（供销联社）信息产业局信访局党史研究室

其他地方水利局