负责西藏水资源保护工作。组织编制水资源保护规划，组织拟订重要江河湖泊的水功能区划并监督实施，核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议，指导饮用水水源保护工作，指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作。
负责西藏防治水土流失。拟订水土保持规划并监督实施，组织实施水土流失的综合防治、监测预报并定期公告，负责有关大中型建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作，指导西藏重点水土保持建设项目的实施。
组织、协调、监督、指挥西藏防汛防旱防风和防低温雨雪冰冻工作，对重要江河湖泊和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度，编制省防汛防旱防风和防低温雨雪冰冻应急预案并组织实施，指导水利突发公共事件的应急管理工作。
指导西藏农村水利工作。组织协调农田水利基本建设，指导农村饮水安全、节水灌溉等工程建设与管理工作，指导农村水利社会化服务体系建设，按规定指导农村水能资源开发工作，指导农村水电、农村电气化和小水电代燃料工作。
