昌吉州水产局

负责昌吉州水产局行政事务、车辆管理使用。
负责昌吉州水产局档案资料的收集、整理、立卷。
做好昌吉州水产局上级领导或来客人的接待工作。
及时向昌吉州水产局领导汇报请示工作，完成领导交办的其它工作任务。

下属机构

产业发展处 负责昌吉州水产健康养殖生产管理，组织推荐、协助验收部级水产健康养殖示范场以及实施省级水产健康养殖示范场的组织申报、验收和考核工作。
负责昌吉州水产品病害监测、防治及水生动物疫病应急处置工作。负责昌吉州水产血防工作。
负责昌吉州水产养殖业节能减排指导和监管工作。参与昌吉州渔资打假工作。
归口管理省级水产行业学会、协会。
渔政处 组织、指导和监督昌吉州自然保护区和水产种质资源保护区建设与管理工作。
编制昌吉州渔政机构基本建设规划，指导昌吉州渔业行政执法队伍体系建设和执法人员培训。
负责昌吉州渔政执法督察工作，监督、检查、指导昌吉州渔业行政执法监管工作。
组织、协调昌吉州水产养殖业专项执法、渔资打假执法和内陆打击非法捕捞作业专项整治行动等重大渔政执法行动。
船检港监管理处 负责组织开展昌吉州渔业互助保险、渔业机动渔船燃油补贴管理、渔港规划建设和经营管理，渔业捕捞许可工作。
负责昌吉州渔船及其船用产品节能减排工作指导和监管工作。
承担局领导交办的其他事项。
负责宣传和贯彻执行国家有关渔港监督、渔船检验管理、水上交通安全管理和渔港水域环境保护方面的方针、政策和法规。

昌吉州地区行政机构

中医管理局中国致公党昌吉州委员会中心血站中招办九三学社乡镇企业局事业单位登记管理局二轻工业局交通局（公安交通管理局）人事局人劳局人口与计生委人才市场人民代表大会常务委员会人民对外友好协会人民政府办公室人民政府参事室人民政府法制办公室人民政府研究室人民检察院人民法院人民防空办公室住房公积金管理中心体委体育局供电公司供销社（供销联社）信息产业局信访局党史研究室

其他地方水产局