组织、指导丽江陆生野生动植物的保护和合理开发利用；在国家和省市县自然保护区的区划、规划原则指导下，指导森林和陆生野生动植物类型自然保护区的建设和管理；组织、协调丽江湿地保护和有关国际公约的履行工作；负责陆生濒危物种进口管理和国家保护的野生动物、珍稀树种木材、珍稀野生动植物及其产品进出口的审核、申报工作；组织协调有关国际公约的履行工作。
组织协调、指导监督丽江森林防火工作，发布森林火灾信息，指导管理丽江森林公安工作；指导、协调、监督查处破坏森林资源和国家重点保护野生动植物资源的重大案件；组织、指导丽江森林病虫害防治、检疫。
研究提出林业经营的方针政策、实施规划和丽江林业发展的经济调节意见；监管国有林业资产；预审和申报重点林业建设项目；指导管理丽江林业基本建设。
指导各类商品林（包括用材林、经济林、薪炭林、药用林、竹林、特种用途林）和风景林的培育，组织指导丽江生态公益林的管理。
