指导和监督昌吉州内部审计工作，核查社会审计机构对依法属于审计监督对象的单位出具的相关审计报告。
与设区的市人民政府共同领导设区的市审计机关；依法领导和监督昌吉州各地审计机关的业务，组织各地审计机关实施特定项目的专项审计或审计调查，纠正或责成纠正下级审计机关违反国家规定做出的审计决定；按照干部管理权限协管设区的市审计机关负责人。
组织审计昌吉州政府驻境外非经营性机构的财务收支；依法通过适当方式组织审计省属国有企业和金融机构的境外资产、负债和损益。
指导和推广信息技术在昌吉州审计领域的应用，指导昌吉州审计信息化建设。
