吐鲁番市卫生局

负责吐鲁番市当地突发公共卫生事件和涉及卫生的突发公共事件的应急管理工作；负责建立吐鲁番市当地院前急救系统和医疗救治系统，组织开展应急医疗救护工作。
负责管理吐鲁番市干部保健局；会同有关部门共同管理医疗保险局。
负责对吐鲁番市传染病防治、公共场所卫生、饮水卫生、学校卫生、职业卫生等相关公共卫生实施监督管理。研究监测各类与人群健康密切相关的重大危险、致病因素。
负责吐鲁番市有关行政复议受理和行政诉讼应诉工作。

下属机构

疾病控制处 组织对吐鲁番市重大传染病、地方病的综合防治、监测和疫情报告，对重大突发疫情实施紧急处置。
拟订吐鲁番市公共卫生问题的干预措施并组织实施。
拟订吐鲁番市健康促进工作规划和计划并组织实施。
拟订吐鲁番市重大传染病、地方病、常见病、慢性非传染性疾病预防控制规划和措施。
医政处 拟订吐鲁番市医疗、护理的技术质量和服务质量以及医疗机构管理的有关政策、规范和标准，并组织实施。
拟订吐鲁番市血液安全管理规范并组织实施，推动无偿献血工作。
指导吐鲁番市医院感染控制体系、医疗急救体系建设。
承担吐鲁番市医疗机构医疗服务的监管工作，建立医疗机构医疗质量评价和监督体系，组织开展医疗质量、安全、服务评价和财务监督等工作。
卫生应急办公室 组织协调吐鲁番市重大自然灾害、恐怖事件、中毒事件及核辐射事故等的紧急医疗救援工作。
组织协调吐鲁番市重大活动的卫生应急保障工作。
承担吐鲁番市突发公共卫生事件应急指挥部办公室工作。
拟订吐鲁番市突发公共卫生事件应急预案及相关专项应急预案，组织指导有关应急预案的日常演练和相关知识、技能的培训工作。

吐鲁番市地区行政机构

中医管理局中国致公党吐鲁番市委员会中心血站中招办九三学社乡镇企业局事业单位登记管理局二轻工业局交通局（公安交通管理局）人事局人劳局人口与计生委人才市场人民代表大会常务委员会人民对外友好协会人民政府办公室人民政府参事室人民政府法制办公室人民政府研究室人民检察院人民法院人民防空办公室住房公积金管理中心体委体育局供电公司供销社（供销联社）信息产业局信访局党史研究室

其他地方卫生局