负责吉林医疗行政管理，指导吉林医疗机构运行机制和分配制度的改革；组织实施国家关于医疗质量标准、技术标准、服务规范和卫生人员职业道德规范。
贯彻中西医并重方针，制定促进吉林中医药发展的政策和中医药中长期发展规划，推进中医药的继承与创新。
推进医药卫生体制改革。贯彻党和国家关于卫生工作的法律、法规和方针、政策，组织实施国家卫生标准和技术规范，拟订有关地方性卫生法规和省政府规章草案，卫生标准和技术规范；制定吉林卫生事业发展规划和战略目标并组织实施。
依法监督管理血站、单采血浆站的采供血及临床用血质量，协调组织吉林无偿献血。
