负责实施锡林郭勒盟出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督。负责口岸传染病的预防与控制工作，负责出入境人员的预防接种和传染病监测体检管理工作。
负责锡林郭勒盟所辖区域的出入境检验检疫业务统计，调查和收集国外传染病疫情、动植物疫情和国际贸易商品质量状况。提供有关信息。
贯彻执行锡林郭勒盟出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程，负责锡林郭勒盟所辖区域的出入境检验检疫、鉴定、认证和监督管理行政执法工作。
负责签发锡林郭勒盟出入境检验检疫证单和标识、封识，并进行监督管理。负责出口商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证工作。
