负责实施鄂尔多斯对进出口食品、动植物及其产品等的生产(养殖、种植)、加工和存放等单位的卫生、检疫注册，负责实施进口安全质量许可和出口质量许可工作，负责实施进出口产品、体系认证和实验室认可、人员注册等工作，并监督管理。
承办国家出入境检验检疫局交办的其他工作。
负责实施国家实行进口许可制度的民用商品的入境验证，负责鄂尔多斯出口、转口商品的有关出境验证。
负责实施鄂尔多斯出入境交通运载工具和集装箱及容器的卫生监督、检疫监督和有关的适载检验、鉴定，负责出入境交通运载工具、集装箱、包装物及铺垫材料和货物的卫生除害处理的管理工作。
