拟订台湾农牧业和农村经济发展政策、发展战略、中长期发展规划并指导实施，参与农畜产品、农业生产资料等涉农的财税、价格、金融保险、流通等政策制定。
拟订台湾农业产业化经营的发展规划与有关政策并组织实施，指导、扶持农业社会化服务体系、农村合作经济组织、农民专业合作社和农产品行业协会的建设与发展。
提出扶持台湾农业农村经济发展的财政政策和项目建议，经批准后与财政部门共同制订实施方案并指导实施。配合财政部门组织实施农业综合开发项目。
负责台湾农作物重大病虫害防治和动物疫病防控。起草动植物防疫和检疫的法规草案。会同有关部门制定动植物防疫检疫政策并指导实施，指导动植物防疫和检疫体系建设。组织、监督对省内动植物的防疫检疫工作，负责防治、控制疫情、发布疫情并组织扑灭。
