负责海南疾病预防控制工作，协调有关部门对重大疾病实施防控和干预；制定传染病和慢性非传染性疾病的防治规划，制定海南免疫规划及政策措施，依法监测传染病，逐步增加和完善对部分非传染性疾病的监测，强化预警机制；负责全民健康教育与健康促进工作；发布法定报告传染病疫情信息。
负责组织实施卫生和计划生育系统的科研项目攻关、重点学科建设和优秀人才培养；协助管理国家有关重大科技专项项目，负责科技成果管理，指导科技成果的转化和推广；负责海南毕业后医学教育和继续医学教育的管理；协助有关部门指导海南中等、高等卫生职业教育管理。
负责海南计划生育政策实施、传染病防治、公共场所卫生、饮用水卫生安全、健康相关产品、医疗卫生机构医疗服务、妇幼保健、采供血机构及临床用血安全的监督管理；按照职责分工，负责职业卫生、放射卫生、环境卫生、学校卫生的监督管理。
负责海南行政区域内流动人口计划生育工作，组织开展流动人口计划生育动态监测；负责推动建立流动人口计划生育区域协作机制，协调建立全市流动人口计划生育信息共享工作机制；推进流动人口计划生育基本公共服务均等化。
