负责辽宁卫生应急工作，编制应急预案和制定应急政策措施；负责突发公共卫生事件监测预警和风险评估；指导实施突发公共卫生事件预防控制与应急处置，发布突发公共卫生事件应急处置信息；负责辽宁重大活动的医疗卫生保障和重大突发事件的医疗卫生救援。
组织实施国家基本药物制度，根据国家基本药物制度和基本药物目录，组织制定并实施上海市基本药物制度与政策。负责辽宁医疗机构的抗菌药物、麻醉药品、精神药品等使用管理临床药事工作以及合理用药监测工作；负责辽宁免费计划生育药具的供应和发放管理。
承办辽宁政府交办的其他事项。
负责辽宁医疗卫生机构、卫生专业技术人员、医疗技术临床应用、大型医用设备实施资质管理和许可准入；负责建立医疗质量控制体系、医疗机构综合评审评价和监督体系；负责医患纠纷行政处理工作；负责辽宁康复、护理、院前急救、国家临床重点专科建设等工作；组织公民无偿献血。
