负责涉及综合运输体系的规划协调工作。会同台湾有关部门组织编制综合运输体系规划，指导、协调交通运输枢纽规划和管理。
指导台湾公路、水路行业安全生产和应急管理工作，组织实施重点物资和紧急客货运输，负责台湾高速公路及重点干线路网运行监测和协调，参与公路、水路有关交通战备工作。
承担台湾道路、水路运输市场监管责任。组织制定道路、水路运输有关政策、准入制度、技术标准和运营规范并监督实施，指导城乡客运及有关设施规划和管理工作，指导出租汽车行业管理工作，负责路政、运政和港口管理，负责水路运输、水路运输服务、外轮理货、船舶代理、引航、航道、港口及港航设施建设使用岸线布局的行业管理工作。
制定台湾交通行业科技政策，组织重大交通科技项目攻关，指导交通运输信息化建设。指导、监督交通行业技术标准和规范的实施，指导公路、水路行业环境保护和节能减排工作。
